مشاكل نظام فارس

على الرغم من مميزات نظام فارس الكثيرة إلا إنه يلاقي بعض الاعتراضات من المستخدمين الذين يروا أنه يحتوي على مشاكل من أهمها إنه يحفظ الطلب حتى لو كان به خطأ أو غير صحيح، ولا يسمح بتعديل البيانات الشخصية لصاحب الطلب لو كانت غير صحيحة، مع عدم القدرة على التسجيل عند عدم مطابقة الآيبان.
وتستغرق عملية تجميع البيانات في البرنامج وقت طويل ولا تتم بصورة فورية والإجازة لا تصدر مباشرة بعد اعتمادها من صاحب الصلاحية ولكن يتم الانتظار لكل من صاحب الصلاحية لفترة غير معروفة للموافقة على الطلب، مع وجود بعض الخانات التي لا يعرف المستفيد ماذا يفعل بها ما يتسبب له بمشاكل والإرباك، ويمنع البرنامج تعديل الإجازات قبل صدورها.
وقد يتسبب البرنامج في مشقة إضافية لبعض المستخدمين الذين يضطرون إلى الحضور بأنفسهم إلى الإدارات التعليمية وتعطيل مصالحهم بسبب الإجازات التي لم تصدر، أو عدم قبول التقدم للتقاعد بعد.
وكذلك هناك مشكلة في عدم ربط بيانات المعلمين والمعلمات والإداريين والاداريات بقائدي المدارس ما ينتج عن ذلك ارتباط وتأخر في حصول الموظف على الاجازة في الوقت الذي طلبها فيه.
كذلك يحتوي نظام فارس على مشكلة عدم القدرة على تغيير تاريخ بدء الإجازة فالكثير من المعلمات تقدمن باجازات أمومة أو رعاية مولود أو استثنائية ما أدى إلى تذمر شاغلي الوظائف التعليمية مع عدم فتح أيقونة التقاعد لتقديم الطلبات من خلالها.